[目的] 研究普通油茶油脂成分形成的调控机制。[方法] 通过转录组测序获得2条普通油茶Δ-12脂肪酸脱氢酶基因序列，分别命名为Cofad6和Cofad2-2，并对这两个基因及其编码蛋白的序列特征进行比较，对其基因表达量与脂肪酸成分含量的相关性进行分析。[结果] Cofad6基因cDNA编码区全长1 347 bp，编码448个氨基酸；Cofad2-2基因cDNA编码区全长1 152 bp，编码383个氨基酸。经比对，CoFAD6蛋白与其余物种FAD6蛋白有65.7%~83.68%的氨基酸同源，CoFAD2-2与浙江红花油茶FAD2-2蛋白有99.22%的氨基酸同源，与其余物种的蛋白质78.59%~81.72%同源。蛋白质二级结构分析表明，CoFAD6和CoFAD2-2均具有一个脂肪酸去饱和酶结构域，属于脂酰-CoA去饱和酶基因家族；两者均为跨膜蛋白，且CoFAD2-2具有定位于内质网的保守模序。定量PCR检测发现，在普通油茶‘长林4号’无性系未成熟种子中，Cofad6表达量随着种子发育先升高后降低，而Cofad2-2基因随着种子发育表达量逐渐降低，与种子油脂中亚油酸、亚麻酸含量变化趋势呈显著正相关，与油酸含量变化呈显著负相关。[结论] 推测Cofad2-2基因是调控普通油茶种子油脂中油酸和亚油酸含量的关键基因之一，该研究为普通油茶油脂改良基因工程育种奠定了基础。